Mitokondria memiliki dua membran yang kuat, fleksibel, dan stabil. Membran yang membatasi mitokondria tersusun atas lipoprotein. Membran bagian dalam membentuk tonjolan-tonjolan untuk emperluas permukan yang dinamakan krista mitokondria.
Mitokondria mengandung cairan atau matriks yang mengandung lemak, protein, DNA sirkuler, dan ribosom. DNA pada motokondria berfungsi mengatur sintesis protein, baik dalam sitoplasma maupun dalam ribosom.
Jumlah mitokondria pada sel tumbuhan relatif sedikit karena fungsinya banyak dilakukan oleh plastida. Mitokondria berfungsi dalam oksidasi zat makanan, respirasi sel, dehidrogenasi, fosforilisasi oksidatif, dan rantai transfer elektron.